Muzeul de istorie
Muzeul prezintã în sãlile expozitiei de bazã vestigii arheologice, însotite de material (texte, etichete, material ilustrativ), prin intermediul cãrora se reconstituie istoria meleagurilor aiudene.
În cele douã sãli de la parter se reconstituie istoria Aiudului si a împrejurimilor sale de la sfârsitul paleoliticului si pânã în pragul constituirii statului dac centralizat condus de Burebista.
Pot fi evidentiate vestigii apartinând unor culturi neolitice din bronzul timpuriu si fazele evoluate ale epocii bronzului , din depozitele de bronzuri de la începutul epocii fierului (de exceptie fiind depozitul de la Aiud), din cimitirele de facturã sciticã si celticã de la Aiud si zonã, din asezãri si locuinte dacice.
La etajul clãdirii vizitatorul are posibilitatea sã vadã mãrturii din epoca anticã, perioada prefeudalã, feudala si moderna. Acestea sunt vestigii (cu precadere ceramica) din asezãri ce dateazã din faza clasicã a culturii daco - getice (epoca Burebista - Decebal), material ceramic, podoabe, inscriptii si sculpturi de facturã provincialã romanã dar si de import, mãrturii ale convietuirii daco - romane iesite la suprafatã cu ocazia unor sãpãturi arheologice (Aiudul de Sus - villa rustica Aiud -"Cetãtuie", Ciumbrud, Cicãu etc.), vestigii (material ceramic, arme, piese de harnasament, podoabe) din secolele IV - IX pChr., inclusiv de la neamuri de migratori (gepizi, slavi, avari, maghiari).
Perioadele moderna si contemporana sunt reprezentate prin piese din material ceramic, arme albe si de foc, diferite accesorii militare.Tot aici mai pot fi vazute si piese din Papua-Noua Guinee ce fac parte din colectia Fenichel Samuel.de expozitii temporare a muzeului gazduieste diferite expozitii, preponderenta avind-o cele de arta, organizate in colaborare cu institutii de cultura din Aiud, din tara sau strainatate.
Muzeul de stiinte ale naturii
În clãdirea Colegiului Bethlen se aflã si Muzeul de Stiintele Naturii.Este cea mai veche institutie de acest gen din tarã.
Patrimoniul muzeului cuprinde colectii de geologie, minerologie, paleontologie, botanicã si zoologie.
Valoarea deosebitã a patrimoniului muzeal constã în existenta unui numãr considerabil de "raritãti" care provin din cele mai îndepãrtate zone geografice de pe glob: Africa, America, Australia, Noua Zeelandã, Brazilia, Noua Guinee, Venezuela etc.
Cele peste 35.000 de exponate au fost expuse în 4 sãli, fiecare având un specific al sãu. Ordinea expunerii, oglindeste miscarea materiei de la materia anorganicã la cea organicã si produsul sãu cel mai înalt, omul. Între exponatele de valoare se aflã esantioanele de meteorit cãzut în Podisul Transilvaniei la Moci în 1882, fosila palmierului Sabal Major si fosile de mamut.
În prezent Muzeul de Stiintele naturii gãzduieste 28.605 exponate din care 831 de geologie, 181 de mineralogie, 1.660 de paleontologie, 5.520 de botanicã si 18.793 de zoologie.
